生物工程研究所成立于2005年。研究所现有教师14人，其中教授5人，副教授5人，拥有博士学位13人。师资队伍中，2人具有浙江大学认定的博士生导师资格，7人具有浙江大学认定的硕士生导师资格；2人入选浙江省“151人才工程”第一层次培养对象，1人入选浙江省“151人才工程”第二层次培养对象，1人入选浙江省中青年学术带头人培养对象，1人入选宁波市“甬江特聘教授”，1人入选宁波市领军拔尖人才第一层次，1人入选宁波市“4321人才工程”第一层次培养对象。

研究所建有生物化学实验室、工业微生物学实验室、分子生物学实验室、植物组织培养实验室、生物制药创新实验室、生物工程专业实验室、生物技术专业实验室等。拥有PCR仪、高速离心机、发酵罐、电泳仪、超低温冰箱、凝胶成像系统、厌氧工作站、植物生理监控系统、高效液相色谱仪、膜过滤系统、OLYMPUS系统相差显微镜、植物细胞培养反应器等一批先进的教学科研设备。

研究所主要研究方向包括：基因工程与微生物定向育种、微生物过程工程、植物细胞培养与天然产物开发、生物分离工程与分离介质制备等。研究所先后承担了国家自然科学基金项目14项、“973计划”子课题1项、浙江省重大科技攻关项目2项、浙江省自然科学基金项10余项，以及60多项宁波市级和横向合作科研课题，年均科研经费600万余元，研究成果获浙江省科技进步二等奖1项，浙江省科技进步三等奖3项，浙江省高等学校科研成果二等奖1项，宁波市科技进步一等奖1项，宁波市科技进步二等奖2项，宁波市科技进步三等奖5项。

所长：王进波（教授，硕士生导师）

副所长：吴志革（副教授）

副所长：胡升（副教授）