化工与制药研究所是化学工程与工艺专业建设的依托机构。

研究所现设有化学工程专业实验室、制药工程专业实验室、过程工程原理实验室、化学合成实验室、制药GMP实验室、化学反应工程实验室、药物分离与分析实验室等。拥有高分辨率液质联用仪、模拟移动床分离系统、超临界流体萃取仪、间歇与连续反应装置、化学吸收与精馏装置、高效液相色谱仪等一批先进的实验设备。

研究所目前主要研究方向包括：精细化学品、药物及其中间体的合成与工艺、天然产物（活性化合物）的分离与纯化、新药与新材料的设计与开发、绿色化工制造和环保技术等。

所长：邹建卫（教授，博士生导师）

副所长：胡桂香（教授）

副所长：陈佳（副教授，硕士生导师）